Ich habe gerade mein Netbook per synergy an die Eingabegeräte meines Computers angeschlossen, allerdings ruckelte es unheimlich sehr. Unter Windows funktioniert alles prächtig, Ubuntu hingegen macht Probleme. Nach kurzem googlen nach dem Problem fand ich die Lösung: man muss einfach den Client per sudo mit Root-Rechten starten, dann läuft es wieder flüssig, zumindest bei mir.

UPDATE:
Den Client mit Root-Rechten zu starten brachte etwas, allerdings war das Ergebnis nicht wirklich befriedigend. Erst nachdem ich auch auf dem Hostsystem (Fedora) den Server mit Root-Rechten gestartet hatte, läuft wirklich alles flüssig.